Zielgebiete in tiefen Hirnarealen werden häufig indirekt durch die Angabe von Koordinaten bestimmt. Das Koordinatensystem selbst wird unter Zuhilfenahme von eindeutigen Landmarken definiert, üblicherweise der vorderen (AC) und der hinteren (PC) Kommissur am Rand des 3. Ventrikels. Der Mittelpunkt einer gedachten Linie zwischen AC und PC bildet den Koordinatenursprung und die Verlängerung dieser Linie eine Achse des Systems. Die beiden weiteren Achsen werden durch die Symmetrieebene des Gehirns festgelegt bzw. durch eine Senkrechte dazu.
AC und PC werden üblicherweise in Kernspintomografien gesucht und – sollte es notwendig sein – das Resultat in Computertomografien verifiziert. Diese Suche ist nicht immer leicht, insbesondere wenn der Kopf während der Aufnahme leicht verkippt wurde und der 3. Ventrikel nicht in der Symmetrieebene dargestellt wird sondern in einem schrägen Schnitt. Weitere Schwierigkeiten sind anormale Anatomien, Aufnahmen mit Störungen oder die Suche als Neuling in dieser Thematik.
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